농업·토지 특례는 실제 사용과 기간을 봅니다

농업과 토지에 관한 특례는 "누가 얼마나 오래 직접 사용했는가"와 "어떤 사업에 넘겼는가"로 갈립니다. 영농조합법인의 법인세 면제와 조합원 배당 면제, 농업인의 현물출자 이월과세(제66조), 자경농지 양도소득세 감면(제69조), 농지대토 감면(제70조), 공익사업용 토지 감면(제77조), 대토보상 과세특례(제77조의2). 2019년 문제가 공익사업용 토지·대토보상·농지를 비교하게 했고, 2024년 문제가 영농조합법인의 법인세·양도소득세·배당소득을 한 사례로 물었습니다.

이 장의 특례는 모두 양도소득세 감면 종합한도(제133조)와 연결됩니다. 자경농지·농지대토·영농조합은 과세기간 1억원·5년 2억원, 공익사업용 토지는 과세기간 2억원·5년 3억원입니다. 감면액을 계산한 뒤 한도를 붙이는 것까지가 답입니다.

법인세 면제(제1항). 농어업경영체법 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 영농조합법인에 대해 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지, 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(식량작물재배업소득) 전액과 그 외 소득 중 대통령령이 정하는 범위의 금액에 대해 법인세를 면제합니다.

조합원 배당소득 면제(제2항). 조합원이 영농조합법인으로부터 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액과, 그 외 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령이 정하는 범위의 금액에 대해 소득세를 면제합니다. 두 배당의 구분 계산은 대통령령이 정합니다.

면제되지 않는 배당(제3항). 면제 금액을 제외한 배당소득으로서 2026년 12월 31일까지 받는 소득의 원천징수세율은 소득세법 제129조에도 불구하고 5%이고, 그 배당소득은 종합소득과세표준에 합산하지 않습니다. 분리과세로 끝납니다.

농업인의 현물출자 이월과세(제7항). 대통령령이 정하는 농업인이 2026년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 다음 부동산을 현물출자하면 이월과세를 적용받을 수 있습니다.

1. 농지 또는 초지법에 따른 초지조성허가를 받은 초지
2. 농업·농촌및식품산업기본법상 농작물재배업·축산업·임업에 직접 사용되는 부동산(제1호 제외)

신청이 필요합니다(제8항). 이월과세를 적용받은 농업인이 현물출자로 취득한 주식·출자지분의 50% 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하면, 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 이월과세액(영농조합법인이 이미 납부한 세액 제외)을 이자상당액과 함께 양도소득세로 납부합니다(제9항·제10항).

농지 소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(경영이양 직접지불보조금 대상 농지를 한국농어촌공사·농업법인에 2026년 12월 31일까지 양도하면 3년 이상) 대통령령이 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령이 정하는 토지를 양도해 생기는 소득에 대해 양도소득세의 100%를 감면합니다(제1항).

다만 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는, 편입일·지정일까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 대해서만 감면합니다(단서). 도시화된 농지의 개발이익까지 감면하지 않는다는 뜻입니다.

농업법인이 취득한 날부터 3년 이내에 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 생기면 그 법인이 감면세액 상당액을 법인세로 납부합니다(제2항). 감면신청이 필요합니다(제3항).

농지 소재지에 거주하는 거주자가 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의해 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으로써 생기는 소득에 대해 양도소득세의 100%를 감면합니다(제1항). 주거지역등 편입·환지예정지 지정 단서는 자경농지와 같고, 양도·취득하는 토지가 편입·지정된 토지로서 대통령령이 정하는 경우에는 적용하지 않습니다(제2항).

감면을 받은 뒤 대통령령이 정하는 사유로 요건을 충족하지 못하게 되면 그 달의 말일부터 2개월 이내에 감면세액을 이자상당액과 함께 납부합니다(제4항·제5항). 새 농지를 사서 경작하지 않는 경우가 대표적입니다.

누가·무엇에. 사업인정고시일(그 전에 양도하면 양도일)부터 소급해 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도해 생기는 다음 소득입니다(제1항).

1. 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 사업시행자에게 양도
2. 도시정비법상 정비구역(정비기반시설을 수반하지 않는 구역 제외)의 토지등을 사업시행자에게 양도
3. 토지보상법 등에 따른 토지등의 수용

얼마나. 양도소득세의 15%. 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 받는 부분은 20%, 공공주택특별법 등에 따른 협의매수·수용으로 그 채권을 3년 이상 만기까지 보유하기로 특약하면 35%(만기 5년 이상 45%).

어기면. 공익사업 시행자가 사업시행인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 사업을 시작하지 않거나, 정비사업 시행자가 기한까지 인가를 받지 않거나 사업을 완료하지 않으면, 그 사업시행자가 감면세액 상당액을 소득세·법인세로 납부합니다(제3항). 채권 만기 보유 특약을 위반하면 감면받은 세액 중 15%(만기 5년 이상 25%)에 상당하는 금액을 즉시 징수합니다(제4항). 상속·이월과세 증여로 받은 토지는 피상속인·증여자의 취득일을 취득일로 봅니다(제9항).

거주자가 공익사업 시행으로 사업인정고시일부터 소급해 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 사업시행자에게 양도하고, 양도대금을 그 공익사업으로 조성한 토지로 보상(대토보상)받는 부분에 대해서는 양도소득세의 40%를 감면받거나 과세를 이연받을 수 있습니다(제1항). 감면과 이연 중 선택입니다.

사업시행자는 대토보상 명세를 국세청에 통보하고(제2항), 거주자가 대토보상 대신 현금으로 보상받거나 대토로 취득하는 토지의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않는 등의 사유가 생기면 감면·이연받은 세액과 이자상당가산액을 양도소득세로 납부합니다(제3항). 신청이 필요합니다(제4항).

1. 어느 특례인가. 영농조합(제66조), 자경농지(제69조), 농지대토(제70조), 공익사업(제77조), 대토보상(제77조의2).
2. 요건. 거주·자경 기간, 사업인정고시일 기준 2년, 농업인·조합 등록, 일몰(2026.12.31).
3. 효과. 100% 감면 / 15~45% 감면 / 40% 감면 또는 이연 / 이월과세 / 면제·5% 분리과세.
4. 제한. 도시지역 편입 단서, 종합한도(제133조), 중복 배제(제127조 제7항·제8항).
5. 사후관리. 3년 내 양도·처분, 요건 미충족, 미착공, 현금 수령. 누가 언제 무엇을 납부하는지.

영농조합은 식량작물 소득 면제·배당 면제·초과분 5% 분리과세, 현물출자는 이월과세(3년·50%·2개월). 자경 8년·대토는 100% 감면에 편입 단서와 1억·2억 한도. 공익사업은 15~45%, 대토보상은 40% 또는 이연, 2년 전 취득이 조건이고 한도는 2억·3억입니다.