신고를 고치는 방향부터 정합니다

신고가 틀렸다는 걸 알았을 때 가장 먼저 정할 것은 방향입니다. 세금을 더 내야 하는 쪽이면 수정신고(제45조), 덜 내야 하는 쪽이면 경정청구(제45조의2)이고, 아예 신고를 안 했다면 기한 후 신고(제45조의3)입니다. 방향이 정해지면 가산세(제47조~제49조)가 얼마나 붙고 얼마나 줄어드는지가 따라오고, 더 낸 돈은 국세환급금(제51조~제54조)으로 돌아옵니다.

이 장은 그 흐름을 한 줄로 잇습니다. 누가 할 수 있는가 → 언제까지인가 → 어떤 사유인가 → 가산세는 어떻게 되는가 → 돈은 어떻게 돌아오는가.

누가. 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자와 기한후과세표준신고서를 제출한 자입니다. 소득세법 제73조 제1항 제1호~제7호에 해당하는 자(과세표준확정신고를 하지 않아도 되는 자)도 포함됩니다(제1항).

언제까지. 관할 세무서장이 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서, 부과제척기간(제26조의2 제1항~제4항)이 끝나기 전까지입니다. 두 조건이 모두 필요합니다.

어떤 사유. 세 가지입니다(제1항 각 호).

1. 신고한 과세표준·세액이 신고했어야 할 금액에 미치지 못할 때
2. 신고한 결손금액·환급세액이 신고했어야 할 금액을 초과할 때
3. 그 밖에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 했을 때. 다만 경정청구를 할 수 있는 경우는 제외합니다.

추가 납부(제46조). 자진납부 국세에 대해 수정신고를 하는 납세자는 이미 낸 세액이 수정신고액에 미치지 못하면 그 부족액과 가산세를 추가로 납부해야 합니다(제1항). 법정신고기한까지 신고는 했지만 세액을 다 내지 않은 자는 세무서장이 고지하기 전에 그 세액과 가산세를 납부할 수 있습니다(제3항). 참고로 제46조의2는 삭제되었습니다.

통상적 경정청구(제1항)

법정신고기한까지 신고한 자와 기한후과세표준신고서를 제출한 자는, 최초신고와 수정신고한 국세의 과세표준·세액에 대해 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있습니다. 사유는 신고한 과세표준·세액이 세법상 금액을 초과하거나, 신고한 결손금액·세액공제액·환급세액이 세법상 금액에 미치지 못할 때입니다. 결정·경정이 있었다면 그 결정·경정 후 금액이 기준입니다.

단서가 중요합니다. 결정·경정으로 증가된 과세표준·세액에 대해서는 처분이 있음을 안 날(통지를 받았으면 받은 날)부터 3개월 이내에 청구할 수 있고, 이것도 법정신고기한 후 5년 이내로 한정됩니다.

후발적 경정청구(제2항)

법정신고기한까지 신고한 자 또는 결정을 받은 자는 다음 사유가 생기면 제1항의 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 청구할 수 있습니다.

1. 과세표준·세액 계산 근거가 된 거래·행위 등이 그에 관한 심사청구·심판청구·감사원 심사청구 결정이나 소송 판결(화해 등 포함)에 의해 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정·경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초 신고·결정·경정 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정·경정으로 연동된 다른 세목(같은 과세기간)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목)의 과세표준·세액이 세법상 금액을 초과할 때
5. 제1호~제4호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

시행령 제25조의2는 제5호의 사유를 넷으로 정합니다. ① 거래 효력과 관계되는 관청의 허가나 처분이 취소된 경우, ② 거래 효력과 관계되는 계약이 해제권 행사로 해제되거나 계약 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제·취소된 경우, ③ 장부·증거서류 압수 등 부득이한 사유로 세액을 계산할 수 없었다가 그 사유가 소멸한 경우, ④ 이와 유사한 경우.

제도의 취지는 두 가지를 동시에 잡는 것입니다. 신고 당시에는 알 수 없던 사정으로 세액 계산의 기초가 뒤집혔다면 기간이 지났더라도 납세자를 구제해야 합니다. 그러나 사유를 열거로 제한해 조세법률관계의 안정성을 지킵니다. 2025년 기출은 이 긴장을 정면으로 묻습니다.

처리 절차(제3항·제4항)와 준용(제5항·제6항)

청구를 받은 세무서장은 받은 날부터 2개월 이내에 결정·경정하거나 그 이유가 없다는 뜻을 통지해야 합니다. 청구인이 2개월 안에 아무 통지를 받지 못하면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청·심사청구·심판청구·감사원 심사청구를 할 수 있습니다(제3항). 기간 안에 결정·경정이 곤란하면 세무서장은 진행상황과 불복 가능 사실을 통지해야 합니다(제4항).

연말정산·원천징수 대상 소득이 있는 자는 지급명세서가 기한 내 제출된 경우 제1항~제4항을 준용하며, 이때 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로 읽습니다(제5항). 종합부동산세를 부과·고지받은 자도 준용 대상이며, 기산점은 종합부동산세의 납부기한입니다(제6항).

법정신고기한까지 신고하지 않은 자는 관할 세무서장이 과세표준과 세액(가산세 포함)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있습니다(제1항). 납부할 세액이 있으면 납부해야 합니다(제2항). 기한후신고나 기한후신고자의 수정신고가 있으면 세무서장은 신고일부터 3개월 이내에 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지해야 하고, 조사에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 기간 안에 할 수 없으면 그 사유를 통지해야 합니다(제3항).

기한 후 신고는 신고납세 세목에서도 확정력이 없다는 점이 수정신고와 다릅니다. 그래서 제3항이 세무서장에게 결정 의무를 지웁니다.

부과 원칙(제47조)

정부는 세법상 의무를 위반한 자에게 가산세를 부과할 수 있습니다(제1항). 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 하되, 국세를 감면하는 경우에도 가산세는 감면대상에 포함시키지 않습니다(제2항). 가산세는 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제합니다(제3항).

신고 관련 가산세

무신고·과소신고 가산세의 기준 금액에서는 가산세와 이자 상당 가산액을 뺍니다. 예정·중간신고 관련 가산세가 부과된 부분에는 확정신고 관련 가산세를 다시 매기지 않습니다(제47조의2 제5항, 제47조의3 제6항).

납부 관련 가산세

납부지연가산세(제47조의4). 법정납부기한까지 안 내거나 적게 내거나 초과환급받으면 다음을 합칩니다.

• 미납·과소납부세액 × 법정납부기한 다음 날부터 납부고지일 전날(그 전에 내면 납부일)까지의 기간 × 대통령령 이자율
• 지정납부기한까지 안 낸 세액 × 지정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지 경과한 개월 수 × 대통령령 이자율
• 법정납부기한까지 낼 세액 중 지정납부기한까지 안 낸 세액 × 3%
• 독촉 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액

지정납부기한 다음 날부터의 기간이 5년을 넘으면 5년으로 봅니다(제7항). 체납된 국세의 납부고지서별·세목별 세액이 150만원 미만이면 지정납부기한 이후 기간분과 독촉비용 가산세를 적용하지 않습니다(제8항).

원천징수 등 납부지연가산세(제47조의5). 미납·과소납부세액의 3%와 기간 이자 등을 합하되, 미납세액의 50%(3%분과 법정납부기한 후 기간분의 합은 10%)를 한도로 합니다.

감면(제48조)

부과하지 않는 경우(제1항). ① 제6조의 기한 연장 사유에 해당할 때, ② 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있을 때, ③ 그 밖에 이와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우.

일부 감면(제2항). 과세표준과 세액을 결정·경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 모두 제외됩니다.

50% 감면(제3호): 과세전적부심사 결정·통지기간에 결과를 통지하지 않아 그 기간에 붙는 납부지연가산세, 제출·신고·가입·등록·개설 기한 후 1개월 이내 이행한 경우의 해당 가산세, 예정·중간신고분을 확정신고기한까지 수정신고하거나 기한 후 신고한 경우의 해당 가산세.

한도(제49조)

소득세법·법인세법·부가가치세법·상증법·조특법에서 열거한 협력의무 위반 가산세(지급명세서, 계산서, 세금계산서 관련 등)는 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(중소기업기본법상 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 합니다. 고의로 위반한 경우에는 한도가 없습니다. 신고·납부 가산세(제47조의2~제47조의4)에는 이 한도가 적용되지 않습니다.

발생원인과 결정(제51조 제1항)

세무서장은 납세의무자가 국세·강제징수비로 납부한 금액 중 잘못 납부한 금액(오납액), 초과하여 납부한 금액(초과납부액), 또는 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액이 있으면 즉시 국세환급금으로 결정해야 합니다. 환급세액에서 공제할 세액이 있으면 공제 후 남은 금액입니다.

충당(제2항~제5항)

국세환급금은 다음 국세에 충당해야 합니다.

체납액에 우선 충당하되, 납세자가 납부고지 국세에 충당하는 데 동의하거나 신청하면 그쪽에 우선 충당합니다(시행령 제31조 제2항). 충당할 환급금이 2건 이상이면 소멸시효가 먼저 오는 것부터 충당합니다(시행령 제31조 제4항). 체납액에 충당하면 체납 국세의 법정납부기한과 국세환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 대등액이 소멸한 것으로 봅니다(제3항).

납세자도 움직일 수 있습니다. 세법에 따라 환급받을 환급세액이 있으면 그것을 납부고지 국세나 자진납부 국세에 충당해 달라고 청구할 수 있고, 충당청구한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 봅니다(제4항). 원천징수의무자의 환급세액은 원천징수하여 납부할 세액에 충당하고 남은 금액을 환급하되, 즉시 환급을 요구하거나 납부할 세액이 없으면 즉시 환급합니다(제5항).

지급(제6항~제11항)

충당 후 남은 금액은 국세환급금 결정일부터 30일 내에 지급해야 합니다(제6항). 남은 금액이 20만원 이하이고 지급결정일부터 1년 이내에 환급되지 않으면 납부고지 국세에 충당할 수 있고, 이때는 동의가 있는 것으로 봅니다(제8항). 명의대여자 대신 실질귀속자에게 과세하면, 실질귀속자가 낸 것으로 확인된 금액은 실질귀속자의 기납부세액으로 먼저 공제합니다(제11항).

상속세를 물납한 뒤 부과가 취소·감액되어 환급하면 물납재산으로 환급하고 국세환급가산금은 지급하지 않습니다(제51조의2 제1항). 물납재산이 매각되었거나 다른 용도로 사용되는 등 대통령령으로 정하는 경우에는 금전으로 환급합니다(제2항).

국세환급가산금(제52조)

충당하거나 지급할 때에는 대통령령으로 정하는 기산일부터 충당일 또는 지급결정일까지의 기간과 대통령령 이자율로 계산한 국세환급가산금을 더합니다(제1항). 오납·경정취소로 생긴 환급금은 국세 납부일의 다음 날부터 기산합니다(시행령 제43조의3 제1항 제1호). 경정청구나 불복 결정·판결 없이 고충민원 처리에 따라 환급하면 가산금을 붙이지 않습니다(제3항).

양도와 소멸시효(제53조·제54조)

국세환급금에 관한 권리는 양도할 수 있습니다. 양도 요구가 있으면 세무서장은 양도인이나 양수인이 낼 국세에 먼저 충당하고 남은 금액에 대해 양도 요구에 지체 없이 따라야 합니다(제53조).

국세환급금과 국세환급가산금 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 않으면 소멸시효가 완성됩니다(제54조 제1항). 민법을 따르되, 과세처분 취소소송이나 무효확인소송 등 행정소송으로 청구하면 민법상 "청구"로 보아 시효가 중단됩니다(제2항). 세무서장의 환급청구 안내·통지로는 중단되지 않습니다(제3항).

2023년 문제 1 사례 2. 가구판매업 사업자 A가 2022년 귀속 종합소득세 과세표준신고서를 법정신고기한(2023년 5월 31일)까지 내지 않아 기한 후 신고를 하려 합니다. 부정행위는 아니고, 세무서장이 결정할 것을 미리 알지 못했습니다.

예시 답안(물음 3~5 요지)

• 제출기한: 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 제출할 수 있다(제45조의3 제1항). 납부할 세액이 있으면 함께 납부한다(제2항).
• 세무서장의 절차: 신고일부터 3개월 이내에 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 A에게 통지한다. 부득이한 사유로 기간 안에 할 수 없으면 그 사유를 통지한다(제3항). 기한 후 신고에는 확정력이 없으므로 이 결정으로 납세의무가 확정된다.
• 가산세: 부정행위가 아니므로 무신고납부세액의 100분의 20(제47조의2 제1항 제2호). A가 복식부기의무자라면 수입금액의 1만분의 7과 비교해 큰 금액(제2항 제1호 나목). 미납부분에는 납부지연가산세가 따로 붙는다(제47조의4).
• 감면: 무신고가산세에 한해 1개월 이내 50%, 3개월 이내 30%, 6개월 이내 20%(제48조 제2항 제2호). 납부지연가산세는 감면 대상이 아니다.

2024년 문제 1 사례 1. A 회사가 2023년 3월경 부가가치세 환급결정을 받았고, 그 환급금이 2022 사업연도 법인세에 충당되었습니다.

예시 답안 요지: 발생원인은 오납액·초과납부액·세법상 환급세액이며(제51조 제1항), 사례는 부가가치세법상 환급세액이다. 결정시기는 사유가 있을 때 "즉시"다. 충당은 체납 국세에는 동의 없이, 납부고지 국세와 자진납부 국세에는 동의가 있어야 하고(제2항), 납세자가 충당을 청구하면 청구일에 납부한 것으로 본다(제4항). 2022 사업연도 법인세가 신고기한 전의 자진납부분이라면 동의나 충당청구가 있어야 하고, 이미 체납된 상태라면 동의 없이 충당되며 법정납부기한과 환급금 발생일 중 늦은 때로 소급하여 소멸한다(제3항). 사례에 법인세의 상태가 주어지지 않았으므로 두 경우를 나눠 쓴다.

2025년 문제 1 물음 2. 사외유출로 소득처분된 횡령금을 귀속자가 형사재판 중 법인에 돌려준 것이 후발적 경정청구 사유인지는 9장에서 판례와 함께 풉니다. 결론은 대법원 2024. 6. 17. 선고 2021두35346 판결에 따라 특별한 사정이 없는 한 소극입니다.

늘리면 수정신고(통지 전·제척기간 내), 줄이면 경정청구(5년, 증액분은 3개월, 후발적은 안 날부터 3개월), 안 했으면 기한 후 신고(결정 통지 전, 3개월 내 결정). 감면은 과소신고 90→10, 무신고 50→20이고 납부지연가산세는 감면표에 없습니다. 환급금은 즉시 결정, 체납은 동의 없이·고지분과 자진납부분은 동의 받아 충당, 30일 내 지급, 5년 시효.