합병은 과세를 없애지 않고 미룹니다

합병 과세는 피합병법인이 자산을 합병법인에 "판" 것으로 보는 데서 출발하고(제44조 제1항), 일정한 요건을 갖춘 적격합병에만 양도손익을 0으로 만들어 줍니다(같은 조 제2항). 이때 차익은 없어지지 않습니다. 합병법인 장부에 자산조정계정으로 남아 있다가 상각하거나 처분할 때, 또는 사후관리 요건을 어길 때 과세됩니다.

분할·현물출자·교환은 23장, 주주의 의제배당은 4장, 불공정합병은 17장에서 봅니다.

피합병법인이 내지 않은 법인세(양도손익에 대한 법인세 포함)는 합병법인이 낼 책임을 집니다(시행령 제85조의2).

피합병법인이 합병으로 해산하면 그 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보고, 양도가액 − 순자산 장부가액을 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입합니다(제44조 제1항). 청산소득(27장)으로 과세하지 않는다는 점이 먼저입니다(제79조 제1항 괄호).

비적격합병의 양도가액은 다음을 모두 더한 금액입니다(시행령 제80조 제1항 제2호).

• 피합병법인 주주가 받는 합병법인(또는 합병법인의 발행주식 전부를 가진 모회사) 주식의 가액과 금전·그 밖의 재산가액. 합병법인이 합병등기일 전에 취득한 피합병법인 주식(합병포합주식)에 대해서는 주식을 교부하지 않았더라도 지분비율에 따라 교부한 것으로 봅니다.
• 합병법인이 납부하는 피합병법인의 법인세와 그 법인세(감면세액 포함)에 부과되는 국세, 법인지방소득세의 합계액.

순자산 장부가액은 합병등기일 현재 자산 장부가액 총액에서 부채 장부가액 총액을 뺀 금액이고, 국세기본법에 따라 환급되는 법인세액이 있으면 더합니다(제44조 제1항 제2호, 시행령 제80조 제2항). 여기서 장부가액은 세무상 장부가액이므로 피합병법인의 유보는 더하고 △유보는 뺍니다.

비적격합병에서 합병법인은 피합병법인의 자산을 합병등기일 현재 시가로 양도받은 것으로 봅니다(제44조의2 제1항). 피합병법인의 세무조정사항은 퇴직급여충당금·대손충당금을 승계한 경우 그와 관련된 것만 승계하고 나머지는 승계하지 않습니다(시행령 제85조 제2호). 피합병법인의 결손금도 승계하지 않습니다.

지급한 양도가액이 순자산시가보다 작으면 그 차액(합병매수차익)을 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 익금에 산입합니다(제44조의2 제2항). 양도가액이 순자산시가보다 크면 그 차액(합병매수차손)은 피합병법인의 상호·거래관계, 그 밖의 영업상 비밀 등에 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에만 5년간 균등하게 손금에 산입합니다(같은 조 제3항, 시행령 제80조의3 제2항). 월할은 "차익(차손) × 해당 사업연도 월수 / 60월"이며, 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만은 1월로 하며, 합병등기일이 속한 달을 1월로 셌다면 5년이 되는 날이 속한 달은 빼고 셉니다(시행령 제80조의3 제1항).

다음 네 요건을 모두 갖추면 양도가액을 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있습니다(제44조 제2항). "할 수 있다"이므로 피합병법인이 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 내야 합니다(시행령 제80조 제3항).

1. 사업기간: 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병. 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 기업인수목적회사는 이 요건을 갖춘 것으로 봅니다(같은 항 제1호 단서, 시행령 제80조의2 제2항).
2. 지분의 연속성: 피합병법인 주주가 받은 합병대가 총합계액 중 합병법인(또는 합병법인의 모회사) 주식의 가액이 100분의 80 이상이고, 그 주식이 지분비율에 따라 배정되며, 대통령령으로 정하는 주주가 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 주식을 보유할 것(같은 항 제2호). 보유의무를 지는 주주는 지배주주등에서 4촌 혈족, 지분 1% 미만이면서 시가 지분가액 10억원 미만인 자 등을 뺀 주주입니다(시행령 제80조의2 제5항). 합병법인이 합병등기일 전 2년 이내에 취득한 포합주식이 있으면, 합병법인이 지배주주등이 아닌 경우 피합병법인 발행주식총수의 100분의 20 초과분에 대해, 지배주주등인 경우 전부에 대해 교부한 주식가액을 금전으로 교부한 것으로 봅니다(같은 조 제3항).
3. 사업의 계속성: 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 승계받은 사업을 계속할 것(같은 항 제3호). 그 기간에 승계한 유형·무형·투자자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 계속하지 않은 것으로 봅니다(시행령 제80조의2 제7항).
4. 고용의 연속성: 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인 근로자 중 합병법인이 승계한 비율이 100분의 80 이상이고, 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 비율을 유지할 것(같은 항 제4호). 근로자는 근로기준법상 근로계약을 맺은 내국인 근로자이되 임원, 사업연도 종료일 전 정년 도래 퇴직 예정자, 사망자·질병 등 퇴직자, 일용근로자, 근로계약기간 6개월 미만인 자(연속 갱신으로 총 기간 1년 이상인 자는 다시 포함), 중대한 귀책사유 퇴직자를 뺍니다(시행령 제80조의2 제6항).

부득이한 사유 — 제2호·제3호·제4호만 구제합니다

제1호 사업기간은 부득이한 사유로 구제되지 않습니다. 또 내국법인이 발행주식 전부를 가진 다른 법인을 합병하거나 그 법인에 합병되는 경우, 같은 내국법인이 발행주식 전부를 가진 법인끼리 합병하는 경우에는 네 요건과 관계없이 적격합병으로 봅니다(제44조 제3항).

적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 합니다(제44조의3 제1항). 그러나 회계장부에는 시가로 계상하므로, 시가에서 피합병법인 장부가액을 뺀 금액이 양수이면 그만큼 익금산입과 동시에 자산조정계정으로 손금산입하고, 음수이면 반대로 합니다(시행령 제80조의4 제1항). 이때 장부가액은 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 뺀 가액입니다. 적격합병에서는 세무조정사항(유보)이 모두 합병법인에 승계되므로(시행령 제85조 제1호), 유보를 자산조정계정에 한 번 더 넣지 않기 위한 장치입니다.

• 감가상각자산의 자산조정계정: 감가상각비 중 자산조정계정에 해당하는 부분과 상계(또는 가산)하고, 처분하면 남은 금액을 전액 익금·손금산입(같은 항 제1호).
• 그 밖의 자산의 자산조정계정: 처분하는 사업연도에 전액 익금·손금산입. 자기주식을 소각하면 소멸(같은 항 제2호).

장부가액 3,000·시가 5,000인 토지는 자산조정계정 2,000이 생기고, 나중에 5,500에 팔면 장부이익 500에 2,000을 더해 2,500(= 5,500 − 3,000)이 과세됩니다.

적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 결손금, 세무조정사항, 감면·세액공제를 승계합니다(제44조의3 제2항). 승계하는 결손금은 합병등기일을 사업연도 개시일로 보아 계산한 피합병법인의 결손금이고, 다음 사업연도부터 매년 1년씩 지난 것으로 보아 공제기한을 셉니다(시행령 제81조 제2항). 다만 공제는 사업별로 칸막이를 칩니다.

회계를 구분하지 않았다면 사업별 소득은 합병등기일 현재 사업용 자산가액 비율로 나눕니다(시행령 제81조 제1항). 특수관계인의 사업을 양수하는 경우에도 비슷한 칸막이가 있습니다(제50조의2).

고유사업 소득 1,000, 승계사업 소득 500, 승계결손금 800인 일반 법인은 승계사업 소득의 80%인 400까지만 공제합니다. 전체 소득 1,500의 80%인 1,200을 한도로 보고 800을 전부 빼면 사업별 제한을 놓친 답입니다.

적격합병을 한 합병법인(제44조 제3항의 완전지배 합병은 제외)은 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년(고용 요건은 3년) 이내에 다음 사유가 생기면 과세이연을 중단합니다(제44조의3 제3항, 시행령 제80조의4 제3항).

1. 승계받은 사업을 폐지하는 경우. 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 폐지로 봅니다(시행령 제80조의4 제8항).
2. 대통령령으로 정하는 피합병법인 주주(적격요건의 보유의무 주주와 같음)가 합병법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우.
3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 피합병법인과 합병법인 근로자 수 합계의 100분의 80 미만으로 떨어지는 경우.

중단 사유가 생기면 ① 자산조정계정 잔액의 총합계액(양수인 경우만)과 승계결손금 중 공제한 금액을 익금산입하고 자산조정계정은 소멸하며(시행령 제80조의4 제4항), ② 승계한 세무조정사항은 되돌리고, 승계해 공제한 감면·세액공제액은 그 사업연도 법인세에 더해 납부한 뒤 이후 적용하지 않습니다(같은 조 제6항). ③ 비적격이었다면 생겼을 합병매수차익·차손은 사유 발생 사업연도에 합병등기일부터 그 사업연도 말까지의 월수분을, 그 뒤 사업연도에 남은 월수분을 합병등기일 후 5년이 되는 날까지 반영합니다(같은 조 제5항). 제2호·제3호 부득이한 사유(같은 조 제7항)가 있으면 중단하지 않습니다.

최초 자산조정계정 2,000 중 1,600이 남았고 승계결손금 300을 공제했다면 익금산입액은 1,900입니다(잔액 기준).

2023년 세법학 1부 문제 3 물음 1~3(예시).

• 물음 1(적격합병 요건): ① 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속한 내국법인 간 합병(기업인수목적회사 특례) ② 합병대가 중 합병법인·모회사 주식가액 80% 이상, 지분비율 배정, 지배주주등의 사업연도 말까지 보유(2년 내 포합주식 간주 금전교부 포함) ③ 합병법인의 사업연도 말까지 승계사업 계속(승계자산 2분의 1 이상 처분·미사용 시 불충족) ④ 근로자 80% 이상 승계·사업연도 말까지 유지. 끝에 완전지배 합병은 요건과 무관하게 적격이라는 문장을 붙입니다(제44조 제2항·제3항).
• 물음 2(부득이한 사유 5가지): 위 표에서 요건별로 고르게 씁니다(주주의 2분의 1 미만 처분, 사망·파산, 합병법인 파산, 회생계획 이행, 근로자 5명 미만 등).
• 물음 3(중단 사유): 다음 사업연도 개시일부터 2년(고용 3년) 이내 ① 승계사업 폐지 ② 보유의무 주주의 주식 처분 ③ 근로자 수 80% 미만. 효과(자산조정계정·공제 결손금 익금산입, 감면세액 추징)까지 한 줄 덧붙입니다.

2022년 세무회계 문제 2 자료 2(예시, 자체 풀이). ㈜A가 2022.9.1. ㈜B를 흡수합병. 건물 장부 4천만원, 시가 5천만원, 상각부인 유보 5백만원, 취득가액 6천만원(20년, 정액법), 신주 시가 1억 6천만원, ㈜B 법인세 대납 8백만원, 승계 건물 감가상각비 1백만원, 양도법인 상각범위액 승계 방법 선택.

• (1) 적격이면 자산조정계정은 5천만 − 4천만 = 1천만원. 감가상각비 1백만원 중 1천만/5천만에 해당하는 20만원을 상계해 기말잔액 9,800,000원.
• (2) 상각범위액은 양도법인 취득가액 6천만원 × 1/20 × 4/12 = 1,000,000원(시행령 제29조의2 제2항 제1호). 회사계상액은 1백만원 − 20만원 = 80만원이므로 시인부족 20만원만큼 승계 유보를 추인해 기말잔액 4,800,000원.
• (3) 비적격이면 양도가액 1억 6천 8백만원 − 순자산 장부가액(3억 4천만원 + 유보 5백만원 − 2억 2천만원 = 1억 2천 5백만원) = 양도이익 43,000,000원.
• (5) 30% 주주 ㈜C의 의제배당은 받은 신주 시가 4천 8백만원 − 취득가액 4천만원 = 8,000,000원(4장).

2025년 세무회계 문제 2 자료 1(예시, 자체 풀이). 합병등기일 2025.7.1., ㈜B 자산 장부 1억 5천 5백만원(토지 8천만원), 부채 6천만원, 자산 시가 1억 7천 5백만원(토지 1억원), 신주 시가 1억 6천만원, 영업권은 사업상 가치 대가.

• (1) 비적격 양도이익 1억 6천만 − 9천 5백만 = 6천 5백만원, 적격이면 0이므로 차이는 65,000,000원.
• (2) 비적격 합병매수차손 1억 6천만 − 순자산시가 1억 1천 5백만 = 4천 5백만원, 당기 손금 4천 5백만 × 6/60 = 450만원, 기말잔액 40,500,000원.
• (3) 적격이면 토지 자산조정계정 2천만원(건물·유동자산은 시가 = 장부가액). 토지는 상각하지 않으므로 기말잔액 20,000,000원.
• (4) 제17기 중단 사유 발생 시 합병매수차손 상당액 4천 5백만원은 합병등기일부터 제17기 말까지 30개월분 2천 2백 5십만원을 손금에 넣고(시행령 제80조의4 제5항 제2호), 기말잔액은 22,500,000원입니다.

양도손익은 세무상 순자산 장부가액과, 합병매수차손익은 순자산 시가와 비교합니다. 적격은 4요건(1년·80% 주식·사업계속·고용 80%)이고 부득이한 사유는 2·3·4호만 구제합니다. 자산조정계정은 회계 장부가액 기준으로 잡고 유보는 따로 승계합니다. 사후관리는 2년(고용 3년)이고, 결손금은 사업별 칸막이 안에서만 공제합니다.