공제하지 않는 매입세액은 제39조 제1항의 일곱 가지 사유로 정해집니다

16장에서 공제 후보를 모았다면, 이 장은 그 후보에서 빼는 작업입니다. 제39조 제1항은 매입세액을 공제하지 않는 사유를 열거합니다(제3호는 삭제되어 실제로는 일곱 가지). 성격이 두 갈래입니다. 합계표·세금계산서의 하자처럼 "협력의무 위반"에 대한 제재와, 사업무관·비영업용 승용차·기업업무추진비·면세사업·토지처럼 "부가가치 창출과 연결되지 않는 매입"을 걸러내는 장치입니다.

이 장을 마치면 다음을 할 수 있어야 합니다.

• 불공제 사유를 조문 번호와 함께 열거하고, 각 사유의 시행령 예외를 짝지어 말한다.
• 개별소비세 과세대상 승용자동차인지, 운수업 등 예외 업종인지 판정한다.
• 토지 관련 매입세액의 범위(취득·형질변경·철거·토지가치 증가)를 구분한다.

합계표를 제출하지 않았거나, 제출한 합계표에 거래처별 등록번호나 공급가액을 적지 않았거나 사실과 다르게 적은 부분의 매입세액은 공제하지 않습니다(제39조 제1항 제1호). 다음은 예외로 공제합니다(시행령 제74조).

1. 합계표나 신용카드매출전표등 수령명세서를 과세표준수정신고서와 함께 제출
2. 경정청구서와 함께 제출해 경정기관이 경정
3. 기한후과세표준신고서와 함께 제출해 결정
4. 등록번호나 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적혔으나 발급받은 세금계산서로 거래사실이 확인
5. 경정 때 세금계산서나 신용카드매출전표등을 경정기관의 확인을 거쳐 제출

세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항이 빠지거나 사실과 다르면 공제하지 않습니다. 공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액만 불공제입니다(제39조 제1항 제2호). 시간 관련 예외(시행령 제75조 제3·5·7·8호)는 16장에서 보았고, 나머지 예외는 다음과 같습니다.

사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 공제하지 않습니다(제39조 제1항 제4호). 그 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조·제49조 제3항·제50조에 따릅니다(시행령 제77조). 부가가치세법이 따로 정의하지 않고 소득세·법인세의 업무무관 규정을 빌려 쓰는 구조이므로, 답안에서는 "소득세법·법인세법상 업무무관 지출의 범위에 따른다"고 연결합니다. 명의가 회사여도 대표자 개인의 가사용 지출이면 여기에 해당합니다.

개별소비세법 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차의 구입·임차·유지에 관한 매입세액은 공제하지 않습니다(제39조 제1항 제5호). 개별소비세법 시행령 별표 1이 정하는 과세대상은 승용자동차로 구분되는 자동차 중 정원 8명 이하인 것(배기량 1,000cc 이하로서 길이 3.6미터 이하·폭 1.6미터 이하인 것은 제외), 125cc 초과 이륜자동차, 캠핑용자동차, 일정한 전기·하이브리드·수소전기 승용자동차입니다. 그래서 정원 9명 이상의 승합차, 화물차(트럭), 경차는 이 호의 불공제 대상이 아닙니다.

예외는 운수업, 자동차 판매업, 자동차 임대업, 운전학원업, 기계경비업무를 하는 경비업(출동차량에 한정)과 이와 유사한 업종에 "직접 영업으로 사용되는" 경우입니다(제39조 제1항 제5호 괄호, 시행령 제78조, 제19조). 같은 운수업자라도 영업용이 아닌 임원 업무용 승용차는 불공제입니다.

기업업무추진비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다(제39조 제1항 제6호). 범위는 소득세법 제35조와 법인세법 제25조에 따른 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용입니다(시행령 제79조). 거래처에 줄 선물을 사면서 받은 세금계산서의 세액이 대표적입니다. 이 선물을 거래처에 주는 것은 사업상 증여지만, 매입세액을 공제받지 못한 재화이므로 제10조 제5항의 공급의제로 다시 과세하지 않습니다(자기생산·취득재화의 요건, 제10조 제1항 각 호). 불공제와 공급의제가 이중으로 걸리지 않는다는 점을 함께 씁니다.

면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자 포함)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 공제하지 않습니다(제39조 제1항 제7호). 면세사업은 매출세액이 없으므로 매입세액을 돌려줄 이유가 없고, 토지는 공급 자체가 면세이므로 그 가치를 늘리는 지출의 세액도 공제하지 않는 것입니다. 과세·면세 공통 매입은 불공제로 곧장 보내지 않고 18장의 안분을 거칩니다. 여기서 "면세사업등"에는 부가가치세가 면제되는 사업뿐 아니라 부가가치세가 과세되지 않는 재화·용역을 공급하는 사업도 포함됩니다(제10조 제1항). 면세사업에 쓰던 자산을 나중에 과세사업에 쓰게 되면 공제받지 못한 세액 중 남은 가치만큼 공제하는 특례가 있습니다(제43조, 18장).

토지 관련 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 중 하나입니다(시행령 제80조).

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

사업자등록 신청 전 매입세액은 불공제이되, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청하면 그 과세기간 기산일까지 역산한 기간의 매입세액은 공제합니다(제39조 제1항 제8호). 사례는 16장의 표를 참고합니다.

불공제는 공급받는 자의 매입세액을 줄이는 효과이고, 가산세는 별도의 제재입니다. 예를 들어 시행령 제75조 제3호로 공제받는 지연수취분은 공제는 되지만 매입자에게 0.5퍼센트 가산세가 붙습니다(제60조 제7항 제1호). 반대로 기업업무추진비 관련 매입세액은 불공제일 뿐 가산세는 없습니다. 답안에서 "공제 여부"와 "가산세 여부"를 두 줄로 나눠 씁니다.

불공제 판정은 형식 → 실질 → 시간 순서로 하면 빠짐이 없습니다.

1. 형식: 합계표에 올렸는가(제1호), 세금계산서가 있고 필요적 기재사항이 맞는가(제2호). 틀렸다면 시행령 제74조·제75조의 구제 사유를 확인합니다.
2. 실질: 사업 관련성(제4호), 개별소비세 과세대상 자동차(제5호), 기업업무추진비(제6호), 면세사업·토지(제7호)를 차례로 봅니다.
3. 시간: 등록신청 전 매입인지(제8호) 확인합니다.
4. 과세·면세 공통이면 불공제로 보내지 않고 18장의 안분으로 넘깁니다.

예를 들어 과세사업만 하는 제조업자가 한 과세기간에 다음 세금계산서를 받았다고 합시다.

신고서에는 세금계산서 수취분 4,550,000원을 적고 공제받지 못할 매입세액 1,350,000원을 따로 적어, 공제되는 매입세액이 3,200,000원이 되게 합니다. 같은 공사라도 토지와 분리되는 구축물(담장·포장도로 등)을 설치하는 것인지, 토지 자체의 가치를 늘리는 것인지에 따라 결론이 갈릴 수 있으므로 사실관계를 먼저 확정합니다.

2021년 회계학2부 문제4 물음2(5점) 자료 1. 세금계산서 수취분 중 불공제 판정이 필요한 항목의 답안 예시입니다.

2023년 회계학2부 문제4 물음2(7점) 자료 3·5. 트럭 유류비(신용카드, 세액 500,000원)는 그 밖의 공제매입세액으로 공제하고, 배기량 1,998cc·정원 5인 승용자동차 유류비(세액 200,000원)는 불공제입니다. 토지만 쓰려고 건축물이 있는 토지를 취득해 건축물을 철거한 경우 건축물 취득분 세액 5,000,000원과 철거비 세액 500,000원, 합계 5,500,000원이 공제받지 못할 매입세액입니다(예시).

2024년 회계학2부 문제4 물음1(8점) 자료 5. 건물이 있는 토지를 502,500,000원(부가가치세 포함)에 일괄구입해 바로 철거했고, 가액 구분이 없어 감정평가가액(토지 427,500,000원, 건물 22,500,000원, 비율 19 : 1)으로 안분하면 건물 공급가액은 502,500,000원 ÷ (19 + 1.1) = 25,000,000원, 세액 2,500,000원입니다. 이 세액과 철거비 세액 2,500,000원은 불공제, 새 건물 설계용역 세액 1,000,000원은 공제이므로 자료 5의 매입세액 공제액은 1,000,000원입니다(예시).

불공제는 합계표·세금계산서 하자(예외 먼저 확인), 사업무관, 8인 이하 승용차(운수·판매·임대·운전학원·경비 예외), 기업업무추진비, 면세사업·토지(철거 목적 건물 취득비와 철거비 포함), 등록 전(20일) 일곱 가지이고, 공통매입은 불공제가 아니라 안분입니다.