공통매입세액은 실지귀속 뒤에 안분하고, 확정신고에서 정산하며, 5% 넘게 바뀌면 재계산합니다

과세사업과 면세사업을 함께 하는 겸영사업자는 매입세액을 세 갈래로 나눕니다. 과세사업에만 쓰는 매입은 공제, 면세사업에만 쓰는 매입은 불공제(제39조 제1항 제7호), 어느 쪽인지 가를 수 없는 매입은 공통매입세액으로 안분합니다. 안분은 한 번으로 끝나지 않습니다. 예정신고의 잠정 안분은 확정신고에서 정산하고, 대체기준으로 안분했으면 실제 비율이 확정될 때 정산하며, 감가상각자산은 이후 면세비율이 5퍼센트 이상 바뀔 때마다 재계산합니다. 면세사업용으로 불공제한 감가상각자산을 과세사업에 쓰게 되면 반대로 공제해 주는 특례도 이 장에서 다룹니다.

겸영사업자의 매입세액은 실지귀속에 따라 계산하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준으로 안분합니다(제40조). 문제에서 "실지귀속을 확인할 수 없음"이라는 표현이 있을 때만 안분하고, 과세·면세 어느 한쪽에 귀속이 확인되는 매입은 안분하지 않습니다.

기본 산식은 면세사업등에 관련된(불공제될) 매입세액을 구하는 형태입니다(시행령 제81조 제1항).

면세사업등 관련 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액

여기서 두 개념을 정확히 씁니다.

인원 수 등에 따르는 등 재정경제부령으로 정하는 경우는 이 산식 대신 다른 기준을 씁니다(시행령 제81조 제1항 본문 괄호). 전기통신사업자와 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화·용역에 대해서만 전 사업장의 공급가액 비율로 안분할 수 있습니다(같은 조 제3항).

다음 경우에는 공통매입세액 전부를 공제합니다(시행령 제81조 제2항).

1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우. 다만 공통매입세액이 5백만원 이상이면 제외
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우
3. 신규로 사업을 시작해 직전 과세기간이 없는 과세기간에 공급받아 그 과세기간 중 공급한 재화(시행령 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화)

예를 들어 한 과세기간의 과세공급가액이 970,000,000원, 면세공급가액이 30,000,000원(면세비율 3%)인 사업자를 봅니다.

면세비율 5% 미만 요건과 금액 요건은 함께 봐야 한다는 점, 그리고 5만원 미만 요건은 면세비율과 관계없이 적용된다는 점이 표에서 드러납니다.

예정신고 때는 예정신고기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율로 안분하고, 확정신고 때 과세기간 전체 비율로 정산합니다(시행령 제81조 제1항 단서). 확정신고 때의 계산은 "과세기간 전체 공통매입세액 × 과세기간 면세비율 − 예정신고 때 이미 불공제한 금액"입니다. 예정 비율과 확정 비율의 차이가 5퍼센트 미만이어도 정산은 합니다. 5퍼센트 기준은 뒤에서 볼 재계산의 요건이지 정산의 요건이 아닙니다.

예를 들어 예정신고기간 공통매입세액 1,000,000원(면세비율 40%)으로 400,000원을 불공제했고, 확정신고기간 공통매입세액이 2,000,000원, 과세기간 전체 면세비율이 30%라면 확정신고 때 불공제액은 3,000,000원 × 30% − 400,000원 = 500,000원입니다. 확정신고기간분만 따로 떼어 2,000,000원 × 30% = 600,000원으로 계산하면 예정분의 과다 불공제 100,000원이 정산되지 않습니다.

해당 과세기간에 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없으면 다음 순서로 안분합니다(시행령 제81조 제4항).

1. 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업등 관련 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등 관련 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등 관련 예정사용면적의 비율

건물·구축물을 신축하거나 취득해 과세·면세에 쓸 예정면적을 구분할 수 있으면 제3호를 제1호·제2호보다 먼저 적용합니다(같은 항 단서). 이렇게 면적으로 안분했으면 뒤에 공급가액이 생겨도 사용면적이 확정되기 전까지는 면적 기준을 유지하고, 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산합니다(같은 조 제5항).

대체기준으로 안분한 경우 공급가액 또는 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 정산합니다(시행령 제82조). 정산 산식은 "총공통매입세액 × (1 − 확정된 면세비율) − 이미 공제한 세액"입니다. 예정신고 때는 예정신고기간의 비율로 안분하고 확정신고 때 정산합니다(같은 조 단서).

감가상각자산의 공통매입세액을 안분해 공제한 뒤, 면세비율(또는 면세사용면적 비율)이 취득일이 속하는 과세기간(그 뒤 재계산했다면 그 재계산한 과세기간)에 적용한 비율과 5퍼센트 이상 차이가 나면 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산해 확정신고와 함께 신고·납부합니다(제41조, 시행령 제83조 제1항).

가산 또는 공제되는 세액 = 해당 재화의 매입세액 × (1 − 체감률 × 경과된 과세기간 수) × 증감된 면세비율

체감률은 건물·구축물 100분의 5, 그 밖의 감가상각자산 100분의 25입니다(시행령 제83조 제2항). 면세비율이 늘면 납부세액이 늘고, 줄면 줄어듭니다. 공급가액 비율로 안분했던 자산은 공급가액 비율로, 면적 비율로 안분했던 자산은 면적 비율로 재계산합니다(같은 조 제3항). 공급의제(시행령 제66조)가 적용되는 경우에는 재계산하지 않습니다(같은 조 제4항).

면세사업등을 위한 감가상각자산이라 매입세액을 공제받지 못했는데 그 자산을 과세사업에 사용·소비하면, 대통령령으로 계산한 금액을 그 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있습니다(제43조). 과세사업 전환의 반대 방향, 곧 과세사업용 자산을 면세사업에 쓰는 경우는 공급의제(제10조 제1항, 시행령 제66조)로 처리합니다.

공통사용으로 전환했는데 그 과세기간에 공급가액이 없으면 매입가액·예정공급가액·예정사용면적 순서로 안분하고 확정되는 과세기간에 정산합니다(시행령 제85조 제3항·제4항). 과세기간 개시일 뒤에 취득했어도 개시일에 취득한 것으로 보아 경과 과세기간 수를 셉니다(같은 조 제6항). 확정신고와 함께 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 제출합니다(같은 조 제5항).

2022년 회계학2부 문제4 물음2(8점). 과일통조림 제조(과세)와 과일판매(면세) 겸영법인의 공통매입세액 부분 답안 예시입니다. 면세비율은 예정신고기간 156,800,000원 ÷ 448,000,000원 = 35%, 과세기간 전체 353,600,000원 ÷ 1,040,000,000원 = 34%입니다.

면세사업 매입세액(7,000,000원·11,000,000원)과 접대 관련 매입세액(2,000,000원)은 안분 대상이 아니라 그대로 불공제입니다. 저온창고는 문제가 준 전제대로 예정면적으로 안분하고 사용면적 확정 과세기간에 정산했습니다(시행령 제81조 제4항 단서·제5항, 제82조 제2호).

2024년 회계학2부 문제4 물음2(8점) 자료 2. 2022년 10월 9일 취득한 공통사용 건물A(공급가액 200,000,000원, 매입세액 20,000,000원)의 면세비율은 2022년 제2기 29%, 2023년 제1기 34%, 제2기 28%, 2024년 제1기 32%, 제2기 35%였습니다. 위 주의사항 상자의 흐름대로 2024년 제2기에 28% 대비 7% 증가하여 재계산합니다.

답안 예시: 20,000,000원 × (1 − 5% × 4) × 7% = 1,120,000원 납부세액 증가.

2021년 회계학2부 문제4 물음2(5점) 자료 3. 2020년 7월 10일 취득해 면세사업에 쓰던 업무용 트럭(불공제 매입세액 3,000,000원)을 2021년 10월 15일부터 과세사업에 공통으로 사용했습니다. 경과 과세기간은 2(2021년 제1기·제2기), 2021년 제2기 과세공급가액 비율은 1,400,000,000원 ÷ 2,000,000,000원 = 70%입니다.

답안 예시: 3,000,000원 × (1 − 25% × 2) × 70% = 1,050,000원 과세사업전환 매입세액.

2025년 회계학2부 문제4 물음1(8점) (4). 2024년 7월 15일 면세사업용으로 취득한 트럭B(매입세액 2,000,000원 불공제)를 2025년 3월 15일부터 과세사업에도 사용했습니다. 2025년 제1기 과세공급가액 비율은 360,000,000원 ÷ 500,000,000원 = 72%, 경과 과세기간은 1입니다.

답안 예시: 2,000,000원 × (1 − 25% × 1) × 72% = 1,080,000원.

2024년 세법학2부 문제1 물음5(7점) 답안 뼈대. ① 면세사업등의 개념(제10조 제1항), ② 면세공급가액의 개념(시행령 제81조 제1항 괄호, 면세 관련 국고보조금 포함), ③ 신규 사업 과세기간에 구입해 그 과세기간에 공급한 재화는 공통매입세액 전부 공제(시행령 제81조 제2항 제3호)하고 그 공급 때는 공급가액 전부 과세(시행령 제63조 제3항 제3호), ④ 신규 사업이라도 한쪽 공급가액이 없으면 매입가액·예정공급가액·예정사용면적 순의 대체기준과 정산(시행령 제81조 제4항, 제82조).

공통매입세액은 실지귀속 뒤 면세공급가액 비율로 불공제분을 구하고(5% 미만·5만원 미만·신규는 전부 공제), 예정은 잠정·확정에서 정산, 대체기준은 확정 때 정산, 감가상각자산은 마지막 적용 비율과 5% 이상 차이 날 때만 재계산합니다. 면세→과세 전환은 체감 후 과세비율만큼 공제합니다.