부가가치세법 19 / 32
의제매입세액은 거래징수되지 않은 세액을 있다고 보아 공제하는 특례입니다
이 장에서 얻어야 할 것
면세 농산물을 사서 과세되는 음식이나 가공식품을 만들어 팔면, 매입할 때는 부가가치세를 내지 않았는데 팔 때는 판매가격 전체에 10퍼센트가 붙습니다. 앞 단계 농민의 부가가치까지 과세되는 누적효과가 생기는 것입니다. 의제매입세액공제는 이 누적효과를 줄이려고 매입 때 세액이 있었던 것으로 "의제"해 일정 비율을 공제하는 특례입니다(제42조). 같은 발상이 재활용폐자원·중고자동차 매입세액 공제특례(조세특례제한법 제108조)에도 쓰입니다.
이 장의 뒤쪽은 매입세액이 아니라 납부세액에서 빼는 세액공제, 곧 신용카드매출전표등 발행세액공제(제46조 제1항)를 다룹니다. 두 공제는 신고서의 자리가 다르므로 섞지 않아야 합니다.
공제 요건
사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물·축산물·수산물·임산물(면세농산물등)을 원재료로 제조·가공한 재화나 창출한 용역의 공급에 부가가치세가 과세되면, 면세농산물등의 가액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있습니다(제42조 제1항). 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외합니다(같은 항 괄호). 영세율이면 매출세액이 없어 누적효과가 없기 때문입니다.
면세농산물등에는 1차 가공을 거친 것, 시행령 제34조 제2항 각 호의 것과 소금이 포함됩니다(시행령 제84조 제1항). 공제를 받으려면 예정·확정신고와 함께 의제매입세액 공제신고서와 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표등 수령명세서 또는 매입자발행계산서합계표 중 하나를 제출합니다. 제조업자가 농어민으로부터 직접 공급받는 경우에는 공제신고서만 제출합니다(제42조 제2항, 시행령 제84조 제5항). 농어민은 작물 재배업·축산업·복합농업·임업·어업·소금 채취업에 종사하는 개인입니다(같은 조 제6항).
공제율 — 업종과 사업자별로 다릅니다
| 구분 | 공제율 | 근거 |
|---|---|---|
| 음식점업 중 과세유흥장소 경영자 | 102분의 2 | 제42조 제1항 표 제1호 가목 |
| 그 밖의 음식점업 개인사업자 | 108분의 8(과세표준 2억원 이하는 2026년 12월 31일까지 109분의 9) | 같은 호 나목 |
| 그 밖의 음식점업(법인 등) | 106분의 6 | 같은 호 다목 |
| 과자점업·도정업·제분업·떡방앗간 개인사업자 | 106분의 6 | 같은 표 제2호 가목 |
| 그 밖의 제조업 중 중소기업과 개인사업자 | 104분의 4 | 같은 호 나목 |
| 그 밖의 제조업(중소기업 아닌 법인) | 102분의 2 | 같은 호 다목 |
| 음식점업·제조업 외의 사업 | 102분의 2 | 같은 표 제3호 |
공제율의 분모가 "100 + 분자"인 이유는 면세농산물등의 매입가액을 세액이 포함된 공급대가처럼 보고 그 안에 들어 있다고 의제되는 세액을 뽑아내기 때문입니다. 108분의 8이면 매입가액 1,080원에 80원의 세액이 들어 있다고 보는 셈입니다.
공제한도 — 과세표준에 연동
면세농산물등의 가액은 해당 과세기간에 그 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준에 일정 비율을 곱한 금액을 한도로 합니다(제42조 제1항, 시행령 제84조 제2항). 한도는 "가액"의 한도이므로, 한도 안의 가액에 공제율을 곱해 공제액을 구합니다.
| 사업자 | 본칙 | 2027년 12월 31일까지 |
|---|---|---|
| 법인사업자 | 과세표준 × 30% | 과세표준 × 50% |
| 음식점업 개인사업자 | 과세표준 2억원 이하 50%, 초과 40% | 1억원 이하 75%, 1억원 초과 2억원 이하 70%, 2억원 초과 60% |
| 그 밖의 개인사업자 | 과세표준 2억원 이하 50%, 초과 40% | 2억원 이하 65%, 초과 55% |
매입시기가 집중되는 제조업의 연간 정산
제2기 확정신고 때 1년 전체로 다시 계산할 수 있는 특례가 있습니다. 요건은 ① 제1기에 공급받은 면세농산물등의 가액이 1년 전체 가액의 100분의 75 이상이거나 100분의 25 미만이고, ② 1월 1일부터 12월 31일까지 계속 제조업을 영위했을 것입니다(시행령 제84조 제3항). 이 경우 1년간 공급받은 면세농산물등의 가액에 공제율을 곱한 금액에서 제1기 공제액을 뺀 금액을 제2기에 공제합니다. 연간 한도는 1년 과세표준 합계액에 100분의 30(개인은 4억원 이하 50%, 초과 40%, 2027년 12월 31일까지는 4억원 이하 65%, 초과 55%, 같은 기간 법인은 50%)을 곱해 공제율을 곱한 금액입니다. 원료를 수확기에 몰아서 사는 제조업자가 과세기간별 한도 때문에 불리해지지 않게 하려는 규정입니다. 2022년 회계학2부 문제4 물음2는 이 특례 대상 법인을 전제로 출제되었습니다.
사후관리 — 면세로 전용하면 추징
의제매입세액을 공제한 면세농산물등을 그대로 양도·인도하거나, 면세 재화·용역을 공급하는 사업이나 그 밖의 목적에 사용·소비하면 공제액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺍니다(시행령 제84조 제4항). 과세사업에 쓸 것으로 보고 공제했다가 면세 판매로 돌린 부분은 공제를 되돌리는 것입니다.
공제 시기와 판단 절차
제42조 제1항은 "면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아" 공제한다고 규정합니다. 따라서 의제매입세액은 원칙적으로 면세농산물등을 공급받은 날이 속하는 과세기간(예정신고기간)에 공제하고, 그 농산물로 만든 제품이 언제 팔리는지를 기다리지 않습니다. 다만 한도가 과세기간의 과세표준에 연동되므로 확정신고 때 과세기간 전체로 한도를 맞춥니다.
계산문제는 다음 순서로 풀면 빠짐이 없습니다.
- 매입·사용 내역표에서 과세사업(제조·조리)에 사용된 면세농산물등의 가액을 고릅니다. 면세 판매분은 뺍니다.
- 사업자의 업종·형태(법인·개인·중소기업·과세유흥장소)로 공제율을 정합니다.
- 과세기간 과세표준과 사업자 유형으로 한도 가액을 구하고 1의 가액과 비교합니다.
- 작은 가액에 공제율을 곱하고, 예정신고 공제액을 뺀 금액을 확정신고 때 공제합니다.
- 공제 뒤 면세로 전용된 부분이 있으면 그 공제액을 납부세액에 더합니다.
재활용폐자원·중고자동차 매입세액 공제특례
재활용폐자원과 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자 등 대통령령으로 정하는 자로부터 2028년 12월 31일까지 취득해 제조·가공하거나 공급하면, 취득가액에 재활용폐자원은 103분의 3, 중고자동차는 110분의 10을 곱한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있습니다(조세특례제한법 제108조 제1항). 확정신고 때 한도를 적용하고, 예정신고나 조기환급신고 때 이미 공제받았다면 확정신고 때 정산합니다(같은 조 제2항). 중고자동차의 한도초과분은 다음 과세기간 개시일부터 1년 이내에 끝나는 과세기간으로 이월해 공제하며, 이월분을 먼저 공제합니다(같은 조 제3항·제4항).
신용카드매출전표등 발행세액공제
여기서부터는 매입세액이 아니라 납부세액에서 빼는 세액공제입니다. 다음 사업자가 과세 재화·용역을 공급하고 세금계산서 발급시기에 신용카드매출전표·현금영수증 등을 발급하거나 대통령령으로 정하는 전자적 결제수단으로 대금을 결제받으면 공제합니다(제46조 제1항).
| 요소 | 내용 | 근거 |
|---|---|---|
| 대상 사업자 | 소매업·음식점업·숙박업 등 시행령 제73조 제1항·제2항 사업을 하는 개인사업자(직전 연도 사업장별 공급가액 10억원 초과 개인과 법인은 제외), 영수증 발급 대상 간이과세자 | 제46조 제1항 제1호, 시행령 제88조 제2항·제3항 |
| 증빙 | 신용카드매출전표, 현금영수증, 직불카드·선불카드(실명 확인)·직불·선불전자지급수단 영수증 등 | 같은 항 제2호, 시행령 제88조 제4항 |
| 공제율 | 발급금액·결제금액의 1%(2026년 12월 31일까지 1.3%) | 같은 항 제3호 |
| 한도 | 연간 500만원(2026년 12월 31일까지 1천만원) | 같은 호 |
| 납부세액 한도 | 공제 전 납부할 세액(가산세 제외, 0 미만이면 0)을 넘는 부분은 없는 것으로 봄 | 같은 조 제2항 |
발급금액은 공급대가(세액 포함) 기준이라는 점, 공제로 환급세액을 만들 수 없다는 점이 계산의 핵심입니다. 공급받는 쪽이 전표로 매입세액을 공제받는 제46조 제3항과는 조항만 같을 뿐 전혀 다른 제도입니다.
2차 기출로 확인하기
2025년 회계학2부 문제4 물음1(1). 유자판매(면세)와 유자청 제조(과세)를 겸영하는 중소기업 법인의 2025년 제1기 최종 3개월(4.1.~6.30.) 의제매입세액 공제액을 묻고 한도는 고려하지 않게 했습니다. 4~6월 유자 매입 90,000,000원 중 판매 36,000,000원, 유자청 제조 사용 54,000,000원이고 기초·기말재고는 없습니다.
답안 예시: 제조업 중소기업의 공제율은 104분의 4(제42조 제1항 표 제2호 나목)이므로 54,000,000원 × 4/104 = 2,076,923원. 면세 판매분 36,000,000원은 과세 공급의 원재료가 아니므로 대상이 아닙니다.
계산 연습(예시). 음식점을 경영하는 개인사업자의 한 과세기간 과세표준이 150,000,000원이고, 면세농산물 매입가액이 120,000,000원(전액 음식 조리에 사용), 예정신고 때 공제액은 없었다고 합시다(2026년 과세기간).
- 한도 가액: 과세표준 1억원 초과 2억원 이하 → 150,000,000원 × 70% = 105,000,000원(시행령 제84조 제2항 제2호 나목)
- 공제 대상 가액: min(120,000,000원, 105,000,000원) = 105,000,000원
- 공제율: 과세표준 2억원 이하 음식점 개인 → 109분의 9
- 의제매입세액: 105,000,000원 × 9/109 = 8,669,724원
계산 연습(예시) — 발행세액공제. 직전 연도 공급가액 6억원인 개인 음식점이 2026년 제1기에 신용카드·현금영수증으로 공급대가 110,000,000원을 결제받았고, 공제 전 납부할 세액이 1,200,000원이라고 합시다. 공제액은 110,000,000원 × 1.3% = 1,430,000원이지만 납부할 세액 1,200,000원을 넘는 230,000원은 없는 것으로 보므로(제46조 제2항) 1,200,000원만 공제되고 차가감 납부세액은 0원입니다. 남은 금액은 환급되거나 이월되지 않습니다. 연간 한도 1천만원은 제1기와 제2기 공제액을 합해 판단합니다.
확인문제
시험 직전 한 줄
의제매입세액은 과세사업에 쓴 면세농산물 가액(과세표준 × 한도비율까지)에 업종별 공제율(음식점 개인 8/108·9/109, 제조 중소 4/104, 기타 2/102)을 곱하고, 면세로 돌리면 추징합니다. 카드 발행세액공제는 개인 소비자업종의 납부세액 공제로 1.3%·연 1천만원(2026년까지)이며 환급되지 않습니다.